Nato a Lomello in provincia di Pavia, nel marzo 1839, Giovan Battista Magnaghi si era stabilito a Genova fin da giovane e lì aveva conservato la propria residenza, pur con il successivo mutare delle sue destinazioni.       Manifestata da ragazzo l’inclinazione per la vita di mare, i genitori lo assecondarono cosicché, nel 1851, presentato dal Conte di Cavour, amico di famiglia, entrò nella Scuola di Marina di Genova da dove, nel 1855, usciva con il grado di guardiamarina. Nel 1859 fu promosso sottotenente di vascello e, nel 1860, tenente di vascello, grado con il quale partecipò all’assedio